Paper: 2016 NG, Enhancer–promoter interactions are encoded by complex genomic signatures on looping chromatin

1. 通过HiC找到所有Interaction pairs, 作为positive。用类似距离的random regions作为negative。
2. 单个feature分不开positive 和negative。poll2等在两个set有差异（figure1-2)
3. 所有feature用ensembl learning（复合学习）加boosting可以很好分开
4. 通过tree里权重，挑出最重要的features，是特定cell line中主要的区分marker。
5. 通过enhancer和promoter，找出对应蛋白