2. lncRNA trans-regulation预测

lncRNA trans-regulation预测是基于由microRNA介导的miRNA-lncRNA的sponge原理，定位调控关键基因。
在lncRNA的众多功能中，lncRNA会通过结合microRNA来抑制microRNA对mRNA的抑制或降解的作用（这里，lncRNA被形象的比喻成海绵，被吸收的microRNA就是水滴）。我们在这里通过预测的方法预测潜在的lncRNA-microRNA-mRNA相互作用,从而定位关键lncRNA。

图5.2   lncRNA反式调控示意图

  我们首先对每一个lncRNA通过计算机软件，计算潜在的组成“lncRNA-microRNA-mRNA匹配对”。进一步，考虑到基于这一海绵原理结合的lncRNA与mRNA会呈现正向表达的关系，所以我们再检测mRNA和lncRNA的基因表达量是否协调一致，从而定位高度正向共表达的“lncRNA－microRNA－mRNA匹配对”。在得到匹配对以后，我们可以通过mRNA的功能推测与其匹配的lncRNA功能。
老师可以通过自己倾向的几个原则之一，利用excel 对我们的输出结果自行进行简单操作，从而定位关键基因：
1）老师可以通过mRNA或者lncRNA的差异表达程度，进一步过滤筛选更为严格的“lncRNA－microRNA－mRNA匹配对”。（我们的输出文件会有每一个lncRNA以及mRNA的差异表达程度）；
2）与老师感兴趣的mRNA有关联的lncRNA是关键lncRNA。如果老师有感兴趣的mRNA的话，通过excel搜索命令，就可以找到与之关联的关键lncRNA。
3）案例：发表于oncogene的文献A long noncoding RNA critically regulates Bcr-Abl-mediated cellular transformation by acting as a competitive endogenous RNA的作者就是通过该分析，定位了通过海绵作用介导的lncRNA－mRNA 搭配对，并进一步定位到了与PTEN（tumor suppressor）相关的关键lncRNA。

表8   lncRNA反式调控示意图

lncRNA_name	lncRNA_logFC	ncRNA_p_value	mRNA_name	mRNA_logFC	mRNA_p_value	microRNA	TargetScan_Score_mRNA	TargetScan_Score_lncRNA
HOXB-AS1	0.69	0.03	TKT	-0.78	0.04	hsa-miR-485-5P,hsa…	-0.10,-0.33,…	-0.12,-0.17,…
RP11-443A13.5	-0.58	0.03	SLC27A1	-0.8	0.03	hsa-miR-124a,hsa…	-0.09,-0.08,…	-0.07,-0.07,…
HOXB-AS1	0.69	0.03	SLC27A1	-0.8	0.03	hsa-miR-136,hsa…	-0.07,-0.06,…	-0.06,-0.12,…
RP11-498C9.13	0.53	0.04	TKT	-0.78	0.04	hsa-miR-520a,hsa…	-0.03,-0.03,..	-0.10,-0.10,…
RP11-498C9.13	0.53	0.04	CDC42SE1	0.63	0.02	has-378,hsa…	-0.20.-0.30,..	-0.13,-0.09,…

注：
(1）第一列为lncRNA，第二列和第三列是这个lncRNA的差异表达log（fold-change）和显著性p－value；第四列为mRNA，第五列和第六列是这个mRNA的差异表达log（fold-change）和显著性p－ value。第七列是介导sponge作用的microRNA列表（因为是用软件targetscan预测的，所以数量往往很多）。第八列和第九列分别是mRNA 和lncRNA 与每一个第七列中的microRNA 的结合强度；
(2） 文件结果汇总在lncRNA/trans-regulation中的inquiry_trans_regulation.xls文件中；
(3）对应文件夹中的lncRNA_targetScan_results_hg19和mRNA_targetScan_results_hg19是涉及到的microRNA与lncRNA，mRNA结合强度预测的相关参数。具体说明请参见targetscan官网http://www.targetscan.org；
(4）如果是windows系统，请用excel文件打开所有的文件。